Il rapporto tra Giorgio Napolitano e i due Pontefici Benedetto XVI e Papa Francesco è stato caratterizzato da stima, rispetto, amicizia e grandi affinità. Nel luglio 2012, Napolitano ha scritto un articolo per l’Osservatore Romano intitolato “Il mio amico Benedetto XVI”, in cui ha confessato che il suo rapporto con il Papa emerito è stato una delle componenti più belle della sua esperienza. Hanno scoperto insieme una grande affinità e hanno vissuto un sentimento di grande e reciproco rispetto.
Napolitano ha intrecciato un rapporto personale, ricco di amicizia e umanità, con Benedetto XVI, così come ha fatto con Papa Francesco. Il Capo dello Stato ha mostrato un’attenzione particolare verso il Papa fin dai primi mesi del suo pontificato, andando oltre l’eccellente stato delle reciproche relazioni grazie all’amicizia manifestata da Napolitano nei confronti di Benedetto XVI. Quando le condizioni di salute di Napolitano si sono aggravate, Papa Francesco ha rivolto una preghiera per lui durante un’udienza generale del mercoledì, affinché trovi conforto come servitore della patria.
Il modo nuovo di interpretare il ruolo di Papa, con la cancellazione del protocollo, il rifiuto di simboli di potere e il vivere in modo sobrio, ha lasciato un segno anche nel Presidente emerito. Napolitano ha visto negli atteggiamenti di Papa Francesco quella sobrietà che lui stesso ha predicato e praticato. Questo messaggio e comportamento dovrebbero rappresentare uno stimolo per la politica, affinché guardi più in alto e recuperi la moralità.
Durante i suoi anni al Quirinale, Napolitano ha incontrato i Capi di Stato del Vaticano per sei volte. Il primo incontro è stato con Benedetto XVI nel novembre 2006, e il Pontefice ha ricambiato la visita nel 2008. Nel 2009, Napolitano ha avuto un colloquio privato con il Papa durante un concerto per il quarto anniversario del suo pontificato. Un altro faccia a faccia si è svolto nel 2013, poco prima delle dimissioni di Benedetto XVI, per un concerto organizzato in Vaticano. Nel giugno dello stesso anno, Napolitano ha visitato Papa Francesco in Vaticano durante una visita ufficiale. Infine, nel novembre 2014, Napolitano ha avuto un incontro strettamente privato con Papa Francesco, poche settimane prima delle sue dimissioni.